Este capítulo analisa criticamente a distinção entre auditoria clínica e auditoria operacional no contexto hospitalar, com ênfase em estudos publicados nas bases SciELO e BVS (LILACS) entre 2019 e 2024. Por meio de uma revisão narrativa com busca estruturada, sintetizam-se evidências acerca dos objetivos, métodos, aplicações práticas e resultados associados a cada modalidade de auditoria, bem como lacunas metodológicas na literatura. Conclui-se que, apesar de conceitualmente distintas, a auditoria clínica voltada à qualidade do cuidado e segurança do paciente e a auditoria operacional voltada à eficiência e controle de custos, ambas são complementares e sua integração maximiza impacto sobre qualidade assistencial e sustentabilidade financeira.