As espécies florestais são fontes vitais de recursos genéticos para a humanidade, e o entendimento desses recursos é essencial para seu manejo, conservação e melhoramento genético. A utilização de técnicas moleculares, especialmente análises baseadas em marcadores microssatélites, é fundamental, fornecendo informações precisas e detalhadas. Este estudo revisa a literatura científica sobre marcadores microssatélites, destacando suas vantagens, limitações e aplicações na conservação genética e melhoramento florestal. Os avanços em biologia molecular e estatística computacional ampliaram as possibilidades de aplicação dos microssatélites, tornando-os instrumentos indispensáveis na conservação, gestão e melhoramento de florestas, e cruciais na orientação de estratégias eficazes para a tomada de decisões.